最近お客さんの要望でもシステムの全文検索を行いたいというニーズが多いような気がします。
Javaを使用したシステムで全文検索を行いたい場合は、現状Luceneを使用するのが有力かなと思います。
Apache LuceneはApacheのトップレベルプロジェクトで
100%ピュアJavaで開発された全検索を行う為のライブラリです。
Javaを使用したシステムでの全文検索はこのLuceneがデファクトになる予感です。
Apache Lucene
http://lucene.apache.org/java/docs/
関口宏司のLuceneブログ
http://lucene.jugem.jp/